Wann die Reformierten von Lütisburg ihre beiden Schulen in Oberwies und auf dem Winzenberg, später Rimensberg, errichteten, ist unbekannt. Am 18. November 1770 wurde der Baumwollweber und Kleinbauer Johann Jakob Rimensberger von den Schulgenossen einstimmig zum Schulmeister von Oberwies gewählt. Er bezog einen Jahreslohn von 10 Gulden (heutiger Wert ca. 200 Franken). Von jedem Kind durfte er 6 Kreuzer (ca. 20 Franken) als Schulgeld verlangen. Diese Schulgelder mussten vom Lehrer mühsam erbettelt werden. Der Schulkreis Oberwies umfasste die Höfe Haslen, Mühlau, Oberwies und Unterrindal. Zum Schulkreis Winzenberg gehörten Rimensberg, Herrensberg, Nord, Schauenberg und Winzenberg. Schule wurde gehalten von Martini (11. November) bis anfangs Mai, in jeder Schule 10 Wochen. Der Unterricht beschränkte sich auf Lesen, Schreiben und Singen von Psalmen und geistlichen Liedern, vom Rechnen sah man ab.
Im Jahre 1837 wurde in Oberwies ein eigenes Schulhaus erstellt, angebaut an das Haus des Lehrers. Aber schon in der Nacht vom 10. auf den 11. Dezember 1841 fiel es dem Grossbrand zum Opfer, der vier Häuser und zwei Scheunen vernichtete. Im Frühjahr 1842 beschloss die Gemeinde den Wiederaufbau des Schulhauses, das heute noch neben der ehemaligen Sägerei besteht.
1946 wurde eine Baukommission beauftragt, eine Schulanlage mit Kochschule und Lehrerwohnung oberhalb des Dorfes Lütisburg für die Schüler der Talgegend zu planen. 1950 wurde das Schulhaus im Oberdorf eingeweiht. Von 1950 bis 1970 erteilte ein Lehrer in der achtklassigen Gesamtschule Unterricht.
Bedeutend weniger bewegt ist die Geschichte der Katholischen Schulgemeinde; fanden doch weder Zusammenschlüsse noch grössere bauliche Veränderungen statt. Aber wie in Oberwies und Rimensberg genügten die Schulzimmer im ehemaligen Schloss ebenfalls nicht mehr den an sie gestellten Anforderungen. Erschwerend erwies sich die Lage dicht am Abhang der Thur. Nach einem Erdrutsch holte der Schulrat im Jahre 1960 ein Gutachten über den Zustand und die Sicherheit des Schlossgebäudes ein. Das Kantonale Hochbauamt führte in einem Gutachten aus, dass das Schulgebäude die nächsten 20 Jahre überstehen werden, was sich bewahrheitet hat. Der Schulrat gab sich aber mit dieser Auskunft nicht zufrieden und versuchte, mit dem Projekt eines Schulhaus-Neubaus vor die Schulbürger zu treten. Dem Vorprojekt aus dem Jahre 1963 erwuchs aber vor allem aus dem Gebiet von Unterrindal Widerstand. Letztlich konnten sich die katholischen Schulbürger auf einen Bauplatz gegenüber dem Restaurant „Post“, dem heutigen Standort des Schulhauses, einigen.
Am 20. Juli 1968 erfolgte der Spatenstich und im Frühling 1970 bezogen die Schüler das neu erstellte Schulhaus im Dorf Lütisburg. Gleichzeitig werden die konfessionell getrennten Schulgemeinden zusammen gelegt. Im Zusammenhang mit der Schulverschmelzung wurden die katholischen Bürger der oberen Berggegend (Winzenberg, Schauenberg, Herrensberg) von der Schulgemeinde Oberrindal abgetrennt und Lütisburg zugeteilt. Um den Kindern den Schulweg zu erleichtern, wurde ab „Landhaus“, Winzenberg, ein Schulbus eingesetzt.
In den vergangenen Jahren wurden die beiden Schulhäuser im Oberdorf und Neudorf stetig unterhalten und saniert.
Im 2006 folgte der Start zur Sanierung im Schulhaus Innenbereich. Dabei standen Beleuchtung, Akustik, Sicherheit, Funktionalität und Farbe im Vordergrund. Weiter hat sich seit dem Neubau im Jahr 1968 im Schulwesen doch sehr vieles verändert. Angefangen mit den verschiedensten Therapien, Einzug des Computers im Schulalltag, Umsetzung der geleiteten Schule und Einführung der integrativen Schulform sind einige von vielen Neuerungen, die Raumanpassungen und bauliche Massnahmen zur Folge hatten.
Ein grosser Tag war sicher die Einweihung der neuen Sportanlagen und des neuen Pausenplatzes beim Schulhaus Neudorf im August 2007. Die grosszügige Sportanlage strahlt weiter über Lütisburg hinaus.